以前、Windows 版の Hamachi を試していたとき、"hamachi.exe" をスタートアップで実行すると、スプラッシュ画面でとまることがよくありました。
で、スタートアップに "hamachi.exe" のショートカットをいれずに、以下のバッチファイルのショートカットを入れるようにしてみました。
call .\sleep.exe 90
start .\Hamachi.lnk
exit
バッチファイルの同じディレクトリには、UnxUtils の sleep.exe と、hamachi.exe のショートカットが入っています。
フリーソフトでもっといいものがあると思いますw